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單純遺傳因素不能解釋孤獨癥近年來發生率增高的現象。盡管 目前孤獨癥發病率的增高存在人們認識水平的提高和診斷標準放松 等因素，但是絕對數字上升也是事實。因此環境致病因素依然是學者 們探究的一個方向。其中孤獨癥的發病與接種麻疹、風疹、腮腺炎三 聯疫苗（MMR）的關系是近年來一個極具爭議性的話題，認為該疫苗 通過直接或間接作用導致所謂腸道通透性變化，使患兒吸收了對大 腦發育有害的大分子物質，或是MMR所含硫柳汞防腐劑引起敏感個 體慢性汞中毒導致大腦發育障礙，不過目前大多數調查和研究基本 否認了兩者之間的關系。
孤獨癥的其他病因——感染因素
在感染方面，雙生子研究發現，孤獨癥雙生 子的先天性微小異常發生率要高于非孤獨癥雙生子，而這些異常與 先天性感染有關，如先天性風疹病毒感染、巨細胞病毒感染被認為可 能與孤獨癥發病有關；孤獨癥兒童中自身免疫性疾病發生率較 高，T淋巴細胞亞群也與正常人群有差別，提示孤獨癥存在免疫系 統異常。上述有關研究結果不一，在孤獨癥病因學中的意義尚不 明了。
孤獨癥的其他病因——第二次打擊學說
綜合有關研究，推測存在孤獨癥遺傳易患性的兒童，在諸如感染、宮內或圍生期損傷等環境有害因素影響下（第二次打擊學說）神 經系統發育異常，從而導致自嬰兒時期開始，在感知覺以及認知加工 等神經系統高級功能方面有異于正常發育兒童，表現為孤獨癥。
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